Hırvatistan, Eski Yugoslavya Sosyalist Federasyonu döneminde kurucu ülkeler arasında yer almaktaydı ve adı da Hırvatistan Sosyalist Cumhuriyeti idi. Türkiye Cumhuriyeti, Hırvatistan’daki ilk Temsilciliğini 1969 yılında, Eski Yugoslavya Sosyalist Federasyonu nezdinde Zagreb Başkonsolosluğu olarak açmıştır.

Eski Yugoslavya’da 90’lı yıllarda başlayan anlaşmazlıklar ve iç savaş Birliğin 1991’de dağılmasıyla sonuçlanmıştır. Hırvatistan Haziran 1991’de Federasyondan ayrılarak bağımsızlığını ilan etmiştir.

Türkiye, bağımsızlığını ilan eden Hırvatistan Cumhuriyetini 6 Şubat 1992’de tanımış, akabinde, Zagreb’deki Başkonsolosluğunu da, 4 Eylül 1992 tarih ve 92/3500 sayılı Bakanlar Kurulu kararı ile Büyükelçilik seviyesine yükseltmiş ve Büyükelçiliğimiz 1 Nisan 1993 tarihinde resmen faaliyete geçmiştir. İlk Türk Büyükelçisi 15 Nisan 1993 günü, zamanın Hırvatistan Cumhurbaşkanı Dr. Franjo Tudjman’a Güven Mektubunu sunmuştur.

Askeri Ataşelik ve Ticaret Müşavirliğinin de aynı binada olduğu Büyükelçiliğimiz, yaklaşık 20 kişilik kadrosuyla 1995 yılından bu yana şimdiki binasında hizmet vermektedir.